Năm Khánh Ứng thứ 3 (Keio 3), tại Hinomoto, vùng Eito. Khi thời kỳ Mạc Mạt (Bakumatsu) đẩy Nhật Bản vào cảnh hỗn loạn, cậu thiếu niên Kuu Bashin luôn ấp ủ ước mơ trở nên mạnh mẽ hơn thông qua trò chơi Standard Battle Spirits. Thế giới của cậu hoàn toàn thay đổi khi tình cờ gặp gỡ Ajara Zetsu — một lãng khách samurai và là một Đấu sĩ Eternal (Eternal Battler) đáng sợ đang bị các thế lực chống Mạc phủ truy bắt. Khi hai thế giới Standard và Eternal Battle va chạm, Kuu bị cuốn vào hành trình của Zetsu — và cùng nhau, họ bắt đầu làm chuyển dịch bánh xe lịch sử.
